Выделение долей в натуре

Добрый день, Вероника!
Спасибо, что посетили сайт ООО "Час-Пик"!
В вашем вопросе важны детали. В частности, нам неизвестно,  как вы стали собственниками долей. Предположим, что это унаследованное имущество. Тогда на стадии раздела наследства Вы могли оформить соглашение, которое передать нотариусу. Суть соглашения в том, что Вы добровольно пришли к тому, чтобы изменить размер долей так, чтобы доля каждого соответствовала бы изолированной комнате, которая находится в квартире.  Тогда бы было иным образом оформлено свидетельство о праве на наследство и Вы смогли бы просить в БРТИ в качестве примечания (в свидетельстве о государственной регистрации) отразить, что доля соответствует комнате площадью такой-то и т.п.
Вместе с тем Вы могли стать собственниками долей в результате дарения. Сейчас Вы можете в РСЦ оформить соглашение о порядке пользования жилым помещением, закрепив за каждым комнату. Согласно полученного метража каждый собственник будет оплачивать коммунальные услуги. Однако, на основании такого соглашения (оформленного в РСЦ) нельзя получить другие документы в БРТИ и считать свою долю выделенной. Кроме того, такое соглашение теряет силу, если один или несколько собственников изменилось.
И для того, чтобы иметь нормально - выделенные доли необходимо обращаться в суд.
Вот как-то так.
С уважением, Дмитрий Кулагин.